Il NanoString® consente di analizzare fino a 800 geni target per reazione mediante barcode molecolari fluorescenti. La quantificazione digitale degli acidi nucleici avviene senza il ricorso a retrotrascrizione o amplificazione quindi senza i bias legati a reazioni enzimatiche.

L’RNA viene prima fatto ibridare con coppie di sonde (Reporter Probe e Capture Probe) specifiche per ciascun target di interesse; le prime sono marcate al 5’ con una sequenza di 6 fluorofori la cui combinazione è unica per ogni target, le seconde sono biotinilate all’estremità 3’. Dopo uno step di purificazione mediante biglie magnetiche, durante il quale l’eccesso di sonde non legate viene rimosso, il complesso tripartito target-sonde viene immobilizzato sulla superficie di una cartuccia rivestita di streptavidina e le sonde Reporter vengono allineate utilizzando una corrente elettrica. Da ultimo la cartuccia viene scansionata ed ogni barcode fluorescente viene contato.