Il NanoString® consente di analizzare fino a 800 geni target per reazione mediante barcode molecolari fluorescenti. La quantificazione digitale degli acidi nucleici avviene senza il ricorso a retrotrascrizione o amplificazione quindi senza i bias legati a reazioni enzimatiche.

L’RNA viene prima fatto ibridare con coppie di sonde (Reporter Probe e Capture Probe) specifiche per ciascun target di interesse; le prime sono marcate al 5’ con una sequenza di 6 fluorofori la cui combinazione è unica per ogni target, le seconde sono biotinilate all’estremità 3’. Dopo uno step di purificazione mediante biglie magnetiche, durante il quale l’eccesso di sonde non legate viene rimosso, il complesso tripartito target-sonde viene immobilizzato sulla superficie di una cartuccia rivestita di streptavidina e le sonde Reporter vengono allineate utilizzando una corrente elettrica. Da ultimo la cartuccia viene scansionata ed ogni barcode fluorescente viene contato.

  • Rilevamento e quantificazione mediante tecnologia NanoString® dei trascritti di fusione dei geni ALK, ROS1 e RET associati alla sensibilità a specifici inibitori delle tirosin-chinasi per il trattamento del carcinoma polmonare non a piccole cellule (NSCLC).

  • In un’unica reazione multiplex 21 sonde specifiche per i punti di rottura permettono di identificare 11 varianti EML4-ALK, 16 varianti di fusione di ROS1 e 3 di RET. Altre 24 sonde specifiche per gli esoni 3’ e 5’ dei tre geni permettono il rilevamento di fusioni sia note che non ancora descritte sulla base dello sbilanciamento dei livelli di espressione tra le regioni 3’ e 5’ generato dai riarrangiamenti cromosomici. Nella stessa multiplex sono inclusi ulteriori 27 saggi e relative sonde: 21 per geni di riferimento necessari per la normalizzazione dei dati e 6 per geni differenzialmente espressi nel tessuto polmonare normale e tumorale, utili alla valutazione della qualità/quantità dell’RNA.

  • Tutti i reagenti necessari e pronti all’uso ed un RNA di controllo sono inclusi nel kit.

  • 48 test suddivisibili in 4 sedute analitiche indipendenti, ciascuna per 10 campioni clinici.

  • Materiale di partenza: RNA estratto sia da tessuto fresco, congelato o paraffinato, sia da strisci citologici, a partire da 100 ng di acido nucleico fino a 750 ng (raccomandato per i campioni più difficili).

  • Meno di 2 giorni per passare dal tessuto paraffinato a risultati standardizzati e prontamente refertabili senza interpretazione personale da parte dell’operatore, grazie ad un software dedicato per l’analisi dei dati NanoString® (iGENETICS® RealQuant®).

  • Funzioni integrate nel software di analisi: CQ dei parametri tecnici dello strumento per la valutazione delle prestazioni della seduta, CQ dei controlli per la valutazione della sensibilità della seduta, identificazione dei campioni idonei/non idonei, suggerimento di come/quanto variare l’input di RNA per i campioni falliti che devono essere ripetuti.

  • Performance validata in uno studio clinico multicentrico (LEONID) e comparata con FISH, IHC e Real Time PCR:
    98,8% (85/86) concordanza NanoString/IHC (solo ALK)
    97,7% (86/88) concordanza NanoString/FISH-ALK
    100% (70/70) concordanza NanoString/FISH-ROS1
    100% (78/78) concordanza NanoString/FISH-RET
    97,7% (85/87) concordanza NanoString/qPCR (solo ALK)

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    Categoria

    Gene Expression

    Strumenti validati
    NANOSTRING FLEX
    NANOSTRING DX
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