Mit NanoString® können bis zu 800 Zielgene pro Reaktion mit fluoreszierenden molekularen Barcodes analysiert werden. Die digitale Quantifizierung von Nukleinsäuren erfolgt ohne Verwendung von reverser Transkription oder Amplifikation, daher ohne die mit den enzymatischen Reaktionen verbundenen Verzerrungen.

Die RNA wird zuerst mit Sondenpaaren (Reporter Probe und Capture Probe) hybridisiert, die für jedes interessierende Ziel spezifisch sind; Die ersteren sind bei 5′ mit einer Sequenz von 6 Fluorophoren markiert, deren Kombination für jedes Ziel einzigartig ist, die letzteren sind am 3′-Ende biotinyliert. Nach einer Reinigung unter Verwendung von Magnetkügelchen, bei dem der Überschuss an ungebundenen Sonden entfernt wird, wird der dreigliedrige Komplex der Zielsonden auf der Oberfläche einer Streptavidin-beschichteten Kartusche immobilisiert und die Reporter-Sonden werden unter Verwendung von elektrischen Strom ausgerichtet. Anschließend wird die Kartusche gescannt und jeder fluoreszierende Barcode gezählt.

  • Nachweis und Quantifizierung von Fusions-Transkripten der Gene ALK, ROS1 und RET durch die Technologie NanoString®, die mit einer Sensitivität gegenüber spezifischen Tyrosinkinase-Inhibitoren zur Behandlung von nicht-kleinzelligem Lungenkrebs (NSCLC) assoziiert sind.
  • In einer einzigen Multiplex-Reaktion ermöglichen 21 Breakpoint-spezifische Sonden die Identifizierung von 11 Varianten EML4-ALK, 16 Fusionsvarianten von ROS1 und 3 Varianten von RET. Andere 24 Sonden, spezifisch für die Exons 3′ und 5′ der drei Gene, ermöglichen den Nachweis bekannter und noch nicht beschriebener Fusionen auf der Grundlage des Ungleichgewichts der Expressionsniveaus zwischen den Regionen 3′ und 5′, die durch chromosomale Umlagerungen erzeugt werden. In der gleichen Multiplex-Reaktion sind weitere 27 Tests und zugehörige Sonden enthalten: 21 für Referenzgene, die für die Normalisierung der Daten erforderlich sind, sowie 6 für Gene, die in normalem und tumorlastigem Lungengewebe unterschiedlich exprimiert werden und nützlich zur Bewertung der Qualität/Quantität der RNA sind.
  • Im Kit sind alle notwendigen und gebrauchsfertigen Reagenzien sowie eine Kontroll-RNA enthalten.
  • 48 Tests, die in 4 unabhängige Analyseeinheiten aufgeteilt werden können, jeweils ausreichend für 10 klinische Proben
  • Ausgangsmaterial: RNA, die aus Gewebe (frisch, gefroren oder FFPE) oder zytologischen Proben extrahiert wurde; Nukleinsäure von 100 ng bis 750 ng (empfehlenswert für schwierige Proben)
  • In weniger als 2 Tagen vom Gewebe bis zu den standardisierten Ergebnissen und zum Befund ohne persönliche Interpretation durch den Benutzer, dank der Datenanalyse durch die spezifischen Software NanoString® (iGENETICS® RealQuant®).
  • In die Analysesoftware integrierte Funktionen: Qualitätskontrolle der technischen Parameter des Instruments zur Bewertung der Performance der Sitzung, Qualitätskontrolle der Kontrollen zur Bewertung der Sensitivität der Sitzung, Identifizierung von geeigneten/ungeeigneten Proben, Änderungsempfehlungen zur RNA-Menge bei fehlgeschlagenen Proben, die wiederholt werden müssen.
  • Performance in einer klinischen Studie mehrerer Zentren (LEONID) validiert und mit FISH, IHC und Real Time PCR verglichen:
    98,8% (85/86) Übereinstimmung mit NanoString/IHC (nur ALK)
    97,7% (86/88) Übereinstimmung mit NanoString/FISH-ALK
    100% (70/70) Übereinstimmung mit NanoString/FISH-ROS1
    100% (78/78) Übereinstimmung mit NanoString/FISH-RET
    97,7% (85/87) Übereinstimmung mit NanoString/qPCR (nur ALK)

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